Pentadbiran di Daerah Kanowit mula direkodkan dengan terbinanya Kubu Emma pada Tahun 1851. Kubu Emma adalah gelaran yang diberi sempena nama adik perempuan Rajah James Brooke. Ia telah dibina khas untuk mempertahankan diri daripada serangan orang Iban dari Ulu Rejang dan orang Rajang-Melanau serta penentang-penenang lain yang tinggal di sepanjang sungai tersebut. 

Pada asalnya, Kubu Emma terletak di tengah bandar dan sebahagian besar daripadanya diperbuat daripada buluh. Setelah selesai pembinaannya, Kubu Emma telah ditawan oleh orang-orang Dayak. Setelah beberapa tahun kemudian ia telah dipindahkan ke tapak yang baru, iaitu di Muara Sungai Kanowit. Pembinaan rekabentuk bangunannya masih serupa dengan model bangunan lama, cuma bezanya ia telah dibina dengan menggunakan kayu belian. Kesemua peralatan, seperti perkakasan rumah adalah hasil daripada tenaga kerja orang-orang Iban dan penduduk Rajang-Melanau, dan sebagai ganjarannya, mereka akan dibayar upah dalam bentuk barangan. Antaranya seperti beras, garam, dan tembakau.

Sehubungan dengan itu, tingkat bawah Kubu Emma dinyatakan telah dibina tanpa menggunakan simen. Pada masa itu, tingkat bawah tersebut merupakan tempat untuk menempatkan bekas-bekas banduan. Kesemua banduan akan dikawal rapi oleh askar Sikh dan Pasukan Polis Hutan Sarawak. Manakala tingkat atasnya pula dijadikan sebagai pejabat oleh Ketua Adat Istiadat (Abang), iaitu menempatkan Pegawai Daerah dan kakitangan pejabat yang lain.

Semasa pemerintahan Rajah Vyner Brooke, tingkat atas Kubu Emma merupakan tempat tinggal Pegawai Daerah serta orang-orang kenamaan (VIP), termasuk pemerintah Rajah ketika lawatan ringkasnya ke daerah Kanowit.